As competências do Semasa foram alteradas a partir da reorganização da administração municipal, ocorrida em 1997. Com a reforma, a autarquia ficou com a atribuição de planejar, projetar e executar os serviços relacionados com a drenagem de águas pluviais e ações de combate a cheias.

Preocupada com uma ação planejada, a autarquia elaborou em 1998 um Plano Diretor de Drenagem (PDD), que adotou soluções a curto, médio e longo prazo para os problemas das enchentes na cidade, levando em consideração o Plano Diretor de Macrodrenagem da Bacia do Alto Tietê (PDMAT), elaborada pelo Governo do Estado.

No PDD, foram identificados os principais problemas que provocam inundações na cidade e sugeridas ações para as sub-bacias das três regiões hidrográficas de Santo André. De imediato, foram tomadas medidas urgentes, como a contenção das margens do Rio Tamanduateí e a recuperação da Avenida dos Estados.

Atualmente, estão mapeadas 47 manchas de inundação em Santo André.