Com mandatos bienais, o Conselho caracteriza-se como paritário, ou seja, 50% de seu corpo de membros deve ser da sociedade civil e os outros 50% dos órgãos públicos. O Comugesan possui uma formação de 30 membros desde 2003.

A composição dos membros do Conselho foi estabelecida pela Lei 10.835/2025.

Conforme estabelecido em lei, a metade do grupo passa por um processo eleitoral divulgado, principalmente, nos atos oficiais do jornal Diário do Grande ABC, sendo eleitos os representantes da sociedade civil. Já a outra parte é indicada pelo prefeito.

A documentação entregue pelas entidades inscritas é analisada por uma comissão de quatro membros (dois do poder público e dois da sociedade civil) que avalia quais entidades estão habilitadas a concorrer nas eleições para o mandato seguinte.

No primeiro mandato houve a inscrição de 23 entidades. Ainda em 1998, após serem eleitos e devidamente indicados, os conselheiros tomaram posse e iniciaram as atividades do Conselho.
Aprimeira tarefa consistiu na elaboração do regimento interno, que baseou-se em estatutos de outros conselhos. A primeira versão data de 14/12/98, no entanto, o regimento atualiza-se com o passar do tempo, de acordo com as demandas do próprio Conselho. A versão mais recente é de Outubro de 2024.

Grupos de Trabalho

Além das plenárias, onde são debatidos os temas e as pautas, o Conselho constituiu dois Grupos de Trabalho (GTs). Um é o Grupo Técnico Administrativo e o outro o Grupo de Infrações e Processos Ambientais.

Os GTs avaliam os recursos de processos administrativos, referentes a autos de infração ambiental. Estes grupos também analisam, de forma detalhada, os EIA/RIMA(s) (Estudos e Relatórios de Impacto Ambiental), relacionados com o licenciamento de empreendimentos diversos do município.

Além disso, os grupos de trabalho também desempenham um papel articulador sobre ações de caráter ambiental.

Outros GTs podem ser constituídos de acordo com as necessidades do Conselho, desde que aprovados em plenárias.