Com mandatos bienais, o Conselho caracteriza-se como paritário, ou seja, 50% de seu corpo de membros deve ser da sociedade civil e os outros 50% dos órgãos públicos. O Comugesan possui uma formação de 30 membros desde 2003.

A composição dos membros do Conselho foi estabelecida pela Lei 8.676/2004.

Conforme estabelecido em lei, a metade do grupo passa por um processo eleitoral divulgado, principalmente, nos atos oficiais do jornal Diário do Grande ABC, sendo eleitos os representantes da sociedade civil. Já a outra parte é indicada pelo prefeito.

A documentação entregue pelas entidades inscritas é analisada por uma comissão de quatro membros (dois do poder público e dois da sociedade civil) que avalia quais entidades estão habilitadas a concorrer nas eleições para o mandato seguinte.

No primeiro mandato houve a inscrição de 23 entidades. Ainda em 1998, após serem eleitos e devidamente indicados, os conselheiros tomaram posse e iniciaram as atividades do Conselho.
Aprimeira tarefa consistiu na elaboração do regimento interno, que baseou-se em estatutos de outros conselhos. A primeira versão data de 14/12/98, no entanto, o regimento atualiza-se com o passar do tempo, de acordo com as demandas do próprio Conselho. A versão mais recente é de 2019.

Grupos de Trabalho

Além das plenárias, onde são debatidos os temas e as pautas, o Conselho constituiu dois Grupos de Trabalho (GTs). Um é o Grupo Técnico Administrativo e o outro o Grupo de Infrações e Processos Ambientais.

Os GTs avaliam os recursos de processos administrativos, referentes a autos de infração ambiental. Estes grupos também analisam, de forma detalhada, os EIA/RIMA(s) (Estudos e Relatórios de Impacto Ambiental), relacionados com o licenciamento de empreendimentos diversos do município.

Além disso, os grupos de trabalho também desempenham um papel articulador sobre ações de caráter ambiental, contribuindo com análises sobre os pedidos de concessão e/ou renovação de descontos sobre as tarifa de água, e utilização da rede de esgotos, requeridos por Entidades Assistenciais e Educacionais de Santo André.

Outros GTs podem ser constituídos de acordo com as necessidades do Conselho, desde que aprovados em plenárias.